根据循证医学，对三氧治疗敏感的疾病可以分为三类。证据质量评估依据证据来源类型（来自随机临床试验的meta分析和系统评价）以及其他因素，包括统计真实性、临床相关性、费用、同行评价认可。美国预防服务工作组和牛津循证医学中心负责证据等级的制定。三氧疗法的证据所选择的级别为：
A级良好的科学证据表明，三氧的临床益处大大超过潜在的风险。
B级至少公平的科学证据表明，三氧的临床益处大于潜在的风险。
C级至少有公平的科学证据表明，三氧能够提供的临床益处，但利益和风险不相上下。
三氧疗法治疗的病症
A级证据相关疾病
脊柱疾病（椎间盘突出、椎体滑脱及其他，等等）。
详见:《马德里宣言》三氧在非风湿性运动系统病变中的作用。
B级证据相关疾病
矫正外科疾病与局部骨关节炎。
骨骼肌软组织的疼痛
矫正外科疾病与局部骨关节炎。
髌骨软化症、关节病
肌腱病（网球肘、髌腱炎、膝关节疼痛和肩袖旋转性肌腱炎）
桡骨茎突狭窄性腱鞘炎
腕管症候群
糖尿病和糖尿病足
慢性疲劳综合症和纤维肌痛
突发性感觉神经性听力损失
梅尼尔氏综合征
缺血性疾病晚期;下肢动脉缺血
年龄相关性黄斑变性（萎缩型）。
龋齿病变
骨髓炎、胸膜肺气肿、瘘管脓肿、伤口感染、褥疮、慢性溃疡、糖尿病足、烧伤。病毒、细菌、真菌引起的感染性疾病
特别是耐抗生素细菌引起的疾病或接受化学治疗者，如肝炎、艾滋病、疱疹和带状疱疹感染、乳头状瘤病毒感染、甲癣和念珠菌病、贾第虫病和隐孢子虫病；Bartolinitis（巴氏）和阴道念珠菌病；脚气；甲癣。
尽管三氧疗法是治疗这些疾病的一个有用的支持，值得强调的是，无论是三氧和它的代谢产物，包括H2O2，均不能达到杀菌剂的组织浓度，因为这些游离的病原体受到血浆抗氧化剂保护，而细胞内的病毒更是难以实现的。
支持这些应用的文献在ISCO3三氧治疗国际图书馆可得到。
C级证据相关疾病
根据初步临床报告，对于这些疾病，无论是作为唯一的治疗形式还是作为特定治疗的辅助疗法，基于临床病例，三氧疗法都具有较高的治疗成功率。
这些疾病包括：
癌症相关性疲劳
三氧治疗联合传统治疗可能促进和改善症状。然而，迄今未有证据显示三氧治疗对癌症有治疗效果。对于所有这些疾病，三氧治疗应与常规治疗相结合，其有效性的证据已证实，但需要更精确的研究。
哮喘
在下面的传统疗法和三氧疗法相结合案例中，至少有理论上表明可能是有益的，但没有真正意义上的临床证据。实例证据表明存在治疗效果，但在许多情况下，疗效是通过使用不同类型的治疗方法达到的，因此结果是不可靠的。一些研究对三氧治疗与另一种治疗相结合的治疗进行了评估，得出的结论是，三氧治疗是作为补充治疗的角色。
自身免疫性疾病
多发性硬化症、类风湿性关节炎、克隆病、慢性炎症性肠病。
肺部疾病
肺气肿，慢性阻塞性肺疾病，特发性肺纤维化和急性呼吸窘迫综合征。
皮肤病
银屑病、湿疹和特应性皮炎。
脓毒症
严重脓毒症和多器官功能障碍、坏死性筋膜炎、腹膜炎、烧伤、上颌窦感染、化脓性中耳炎、扁桃体炎、额窦炎、膀胱炎。
呼吸系统疾病
肺结核、支气管炎、呼吸衰竭、鼻窦炎、胸膜肺气肿。
胃肠疾病
胆石症、消化性溃疡、消化道出血。
眼科
干眼综合征、糖尿病视网膜病变、眼内炎、脉络膜疾病、年龄相关性黄斑变性、视网膜色素变性、慢性青光眼。
疼痛纤维肌痛、跖痛症、偏头痛。
血管疾病：缺血性心脏病。
癌转移（如作为辅助治疗或减少化疗或放疗的副作用）：难治性出血性放射性直肠炎；前列腺增生症。
雷诺氏综合征
慢性肾功能衰竭
肝病：甲肝、乙肝、丙肝
血管性纤维化性脑膜炎
老年性痴呆、阿尔茨海默病
支持这些应用的文献可以在ISCO3三氧治疗国际图书馆查询到。
如何把握三氧疗法的禁忌症
三氧治疗禁忌症是指医用三氧不适宜应用于某些疾病、情况或特定的人群（儿童、孕妇、凝血功能障碍等）。或应用后会引起不良后果，在临床应用中应予禁止或顾忌。对禁止的指征应绝对禁止使用；对顾忌的指征应适当的顾忌，尽量不用或改换其他治疗方式；对慎用的指征应谨慎小心使用，并在用药后密切观察药物的不良反应和身体情况。
《三氧疗法马德里宣言》第二版
以下情况禁止给予三氧治疗
1.葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症（蚕豆病，急性溶血性贫血）*
2.毒性甲状腺功能亢进症-BasedowGraves综合症
3.血小板减少低于和严重的凝血障碍
4.严重的不稳定性心血管病
5.急性酒精中毒
6.急性心肌梗死
7.大量和急性出血
8.抽搐状态
9.血色素沉着病
10.接受铜或铁剂治疗的患者
*葡萄糖-6-磷酸脱氢酶（G-6-PD）缺乏症的发生率在不同族群中不同，与撒哈拉以南非洲（7.5％）相比，在美洲（3.4％），欧洲（3.9％）和太平洋（2.9%），中东（6.0％）和亚洲（4.7％）21的发生率更低。建议在O3治疗前进行G6PD测试以避免并发症。
与三氧相互作用的药物
在用三氧治疗期间，可能使用抗氧化物补充剂（例如维生素C和维生素E）。然而，这些化合物以高浓度存在于血液中时，会干扰三氧作为氧化剂的作用及治疗获益。因此，口服维生素或抗氧化剂，不应在治疗期间使用，只能用在三氧治疗之前或之后。抑制的时间取决于每种特定抗氧化剂的生物利用度。建议静脉应用抗氧化治疗，既不在三氧治疗之前使用，也不在三氧治疗中使用，只在三氧治疗后施用，如维生素C或谷胱甘肽。
三氧增加ACE抑制剂（ACEI血管紧张素酶抑制剂）的影响。接受抗凝治疗如香豆素/肝素治疗的患者必须在控制INR下进行三氧治疗。接受铜或铁治疗的患者不能接受三氧治疗。
三氧疗法与其他氧化疗法（紫外线、过氧化氢等）具有协同作用。联合激光治疗、磁疗、针灸、透热疗法、理疗会产生预期互补效应。
甲亢
对于甲状腺功能亢进者，本身代谢率高，超生理剂量的甲状腺激素通过刺激mRNA形成，促进蛋白质及各种酶的生成，并能促进肝糖原的分解，加速外周组织对糖的利用，有使血糖降低的作用，而三氧治疗会提高机体代谢，从而导致患者症状加重，故重度甲状腺功能亢进者禁用。
蚕豆病（G-6-PD缺乏蚕豆病）
蚕豆病是葡萄糖-6-磷酸脱氢酶（G6PD）缺乏症的一个类型，在遗传性G6PD缺乏的基础上接触新鲜蚕豆导致急性溶血。由于G6PD缺乏属遗传性，所以40％以上的病例有家族史。
三氧有可能造成溶血，特别是对于6-磷酸葡萄糖脱氢酶缺陷症者，由于不能产生足够的还原物质-(还原型辅酶Ⅱ)，使还原型谷胱甘肽减少，遇到氧化剂，红细胞膜易破裂溶血。还原型辅酶Ⅱ是谷胱甘肽还原酶的辅酶，对维持红细胞的膜完整性具有重要意义，所以6-磷酸葡萄糖脱氧酶缺陷症者禁用。
医用三氧、抗凝剂过敏者或高敏者
过敏是一种机体的变态反应，是人对正常物质（过敏原）的一种不正常的反应。
凝血功能异常、血小板减少症、活动性出血
大自血治疗时由于加入了枸橼酸钠（枸橼酸钠抗凝剂得到作用是枸橼酸钠根离子与血中钙离子生成难解离的可溶性络合物枸橼酸钙，此络合物易溶于水但不易解离，凝血过程受到抑制，从而阻止血液凝固。）抗凝，可加重出血，并降低血钙。这里我们特别提醒，紫癜属于出血性疾病，列为禁忌症之一。
妊娠
怀孕，尤其是怀孕早期，目前没有确凿证据能够排除三氧导致遗传改变的可能。
严重贫血
贫血是指人体外周血红细胞容量减少，低于正常范围下限的一种常见的临床症状。尤其对于缺铁性贫血患者，枸橼酸钠与铁离子结合成络合物进一步加重贫血。
严重心血管疾病不稳定期
心血管疾病包括心脏和血管疾病、肺部循环疾病和脑血管疾病的一组循环系统疾病（高血压，脑卒中，心肌梗死，心力衰竭，肺心病，先心病，风心病等），这些疾病处于不稳定期时列为禁忌症。
低钙血症
低钙血症是血钙低于正常值的现象，属于钙代谢紊乱。由于钙发挥生理作用取决于游离钙（即离子钙），所以低钙血症一般也指低离子钙，也称游离钙低于正常值（1.1mmol/L）。
应用血管紧张素转换酶抑制剂治疗者镇用
三氧增强ACE抑制剂的影响。对于应用血管紧张素转换酶抑制剂治疗的高血压患者。部分患者三氧化血液回输时突然出现血压下降。这种效应可能是由于激肽释放酶-激肽原级联的激活所致。然而，血浆缓激肽在几分钟之内就会被降解，缓慢的回输可以减少这种副作用，回输过程严密观测血压，回输完成观察20分钟以上。
未得到控制的糖尿
三氧治疗会提高机体代谢，有使血糖降低的作用。
血色素沉着症
素沉着症主要因为体内铁质储积过多，而发生的铁质代谢障碍所致的疾病。由于铁质沉积于肝、胰腺等部位，损害其功能，所以除皮肤粘膜色渍异常外，还有肝功能异常及糖尿病的临床表现。枸橼酸钠与铁离子结合成络合物加重病情。
癫痫、精神病、神经功能症
以免纠纷！
椎间盘突出禁忌症
1.凝血功能障碍
2.穿刺部位感染
是指细菌、病毒、真菌、寄生虫等病原体侵入人体所引起的局部组织和全身性炎症反应。
3.马尾综合征
马尾神经由腰、骶神经根（L2～S1）组成，故马尾神经根损害可类似腰膨大和脊髓圆锥联合病变的症状，但由于马尾神经走行颇长，病变不同其临床表现也有所差异。一般而言，马尾神经病变的部位越高，其累及的神经根也越多，表现的症状也越广泛。马尾神经病变的特点是常为单侧或双侧不对称，根性疼痛位于会阴部、股部或小腿，常有自发性疼痛放射至会阴及臀部。下肢可有下运动神经元瘫痪的体征，亦可有排便障碍。
4.椎间盘突出并钙化
其发生机理可能是椎间盘突出后，突出的椎间盘组织失去正常营养供给，使突出组织水分流失，发生硬化。
5.椎管狭窄
由于椎间盘突出、椎体增生、椎体滑脱以及后纵韧带、黄韧带增生肥厚、钙化或骨化等刺激脊髓神经及周围血管，造成神经血管发生炎症粘连、充血、水肿，从而导致椎管狭窄的发生。
6.超过I度的脊柱滑脱
由于椎间盘退行性变，关节突关节紊乱，周围韧带松弛，椎间隙不稳，椎关节上一椎体后移。因而出现腰痛或腰腿痛等临床症状
I度：指椎体向前滑动不超过椎体中部矢状径的1/4者。
II度：超过1/4，但不超过2/4者。
III度：超过2/4，但不超过3/4者。
IV度：超过椎体矢状径的3/4者。度数越大，滑脱越严重。神经剪切、压迫损伤越大
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