胃内细菌很少，正常情况下，只有少量耐酸的幽门螺杆菌停留一段时间，一般0-/g胃内容物。当胃酸减少或无胃酸时，使用抑酸剂时，菌量可增加10-倍。
空肠菌量0-/g肠内容物，主要是乳酸杆菌、肠球菌、嗜氧菌、肠杆菌在健康成人中，只是一过性的。正常空肠不存在大肠杆菌及拟杆菌。空肠-/g，以厌氧菌为主。肠杆菌属包括大肠杆菌，含量较多。
过了回盲部，菌量增长百万倍，约-/g，主要是厌氧菌如类杆菌、乳酸杆菌等。在结肠的细菌，98%以上为厌氧菌，双歧杆菌数量为-/g。使用抗生素后，梭状芽孢杆菌会大量增殖。从盲肠至直肠，肠菌菌种很少变化。阑尾是结肠和回肠交界处，结肠内细菌浓度高达1万亿-10万亿/克，而回肠1万-万个/克，两者细菌浓度相差1亿倍。
细菌若在肠内过度生长，将阻碍维生素B12吸收，影响胆盐代谢，影响脂肪、碳水化合物、蛋白质的吸收，可刺激结肠分泌诱发腹泻，甚至发生粘膜损伤，诱发溃疡、出血，所以长期卧床、昏迷患者要促使其及时排便，最好1-2天一次，这样有利于防止肠道内菌群失调。
肺部细菌分布：气管、支气管内存在少量细菌，不会永久定值。在细支气管以下、肺部和胸腔无细菌存在。正常儿童咽部的肺炎双球菌、流感嗜血杆菌、肺炎克雷伯菌携带率高达20-30%，过度使用抗生素将导致这些菌群失调，反而容易诱发感染。
婴幼儿出生时肠道内是无菌的。出生后1-5天内，肠内可发生由需氧菌占80%到厌氧菌占75%的转变。母乳喂养的婴儿，双歧杆菌是肠道内主要细菌。而人工喂养的婴儿，双歧杆菌增长缓慢，低体重儿，肠道内的正常菌群形成更为迟缓。
人体细菌可构成皮肤、粘膜屏障，经常洗澡或使用杀菌肥皂将破坏这些屏障。
正常菌群还可刺激人体免疫细胞分化、发育、成熟，刺激机体免疫组织、免疫器官发育，所以经常接触大自然的孩子，身体更健康。
正常菌群有利于人体糖、蛋白质、脂肪的代谢，菌群不调容易诱发肥胖、糖尿病等代谢性疾病。正常菌群还有利于人体吸收电解质、微量元素，还有分泌维生素K、B，特别是维生素K，只能依靠细菌合成，如果维生素K缺乏，将极容易发生大出血。大量使用抗生素后，细菌数减少，导致胃肠粘膜菲薄，极易溃疡出血，所以在长期使用抗生素的同时，最好常规补充有益菌，不仅利于维持肠道粘膜屏障功能，还有利于营养代谢。
经研究发现，90%以上的脑脓肿、牙周脓肿、肝脓肿、腹腔脓肿、盆腔脓肿等都是由正常厌氧菌移位造成的，一半以上的呼吸道感染是细菌移位造成的。另外，95%以上的感染性疾病直接或间接与消化道有关，所以，在临床救治过程中，应高度重视肠道菌群失调问题。
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