作者：周红梅
取脑脊液进行mNGS检测
(表1不同方法对不同组织部位感染的检出率)
原因何在？
如何解读？
是送检样本有问题吗？
或者是报告出问题了？
还是实验室漏检了？
mNGS报告呈阴性，原因何在？
中枢神经系统疾病较为复杂，常见临床表现如意识障碍、抽搐、头痛、呕吐等，并非均由颅内感染引起，癫痫、颅内肿瘤、脑栓塞、脑出血等也可能引起上述临床症状。
感染是引起炎症最常见的原因，但炎症不一定都是由病原微生物感染引起。如果临床症状及实验室检查符合脑炎的诊断，但确未找到病原体，还需要排除自身免疫性脑炎这类疾病的可能。除此之外，非感染性脑病也囊括红斑狼疮性脑病、桥本脑病、肺性脑病、肝性肝病等。
mNGS假阴性主要为样本中病原体载量过低，低于mNGS检测阈值。病原体载量低主要由样本、采样操作和送检等几个方面因素决定[3]。
1.评估送检样本的质量
如果脑脊液样本在室温下或4℃储存数天，病原体核酸分子DNA和RNA，尤其RNA易降解，可能导致脑脊液样本mNGS的假阴性。
2.评估送检样本的采样时机
·急性脑炎患者，病原体可能仅在发病前几小时或几天出现在中枢神经系统，如在发作后较晚时期采集，样本中病原体载量低，可能会导致脑脊液样本mNGS的假阴性。
·如在脑脊液样本采集前已使用抗生素治疗，则会降低病原体浓度，也会存在脑脊液样本mNGS的假阴性。从临床文献分析可看到，用药后，虽mNGS阳性率明显高于培养的阳性率，但相对用药前，mNGS用药后的阳性率下降[2]。
（图1抗生素暴露对mNGS阳性率的影响）
3.评估送检样本的检测流程选择
如感染病原体为RNA病毒，但mNGS送检样本时选了择DNA检测流程，这会导致RNA病毒无法检出。
（图2mNGS检测覆盖病原体类型）
4.评估送检样本的类型
脑脊液微生物来源于整个蛛网膜下腔体液，如果患者的感染是局灶的（例如脑脓肿），或者疑似病原体在脑脊液中丰度较低，则送检脑脊液存在假阴性可能，而脑或脑膜组织活检样本对mNGS价值更高。
5.胞内菌和厚壁微生物如真菌等微生物mNGS检测效能相对低
年11月份张文宏教授主持发布的《中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识》中提到[4]，对于结核分枝杆菌、伤寒沙门菌、布鲁菌等胞内菌，以及具有细胞壁的真菌，二代测序的检测效能会相对降低。
参考文献
[1]WilsonMR,NaccacheSN,SamayoaE,etal.Actionablediagnosisofneuroleptospirosisbynext-generationsequencing.NEnglJMed.;(25):-.
[2]MiaoQ,MaY,WangQ,etal.Microbiologicaldiagnosticperformanceofmetagenomicnext-generationsequencingwhenappliedtoclinicalpractice[J].ClinicalInfectiousDiseases,,67(suppl_2):S-S.
[3]RamachandranPS,WilsonMR.Metagenomicsforneurologicalinfections—expandingourimagination[J].NatureReviewsNeurology,,16(10):-.
[4]中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识[J].中华传染病杂志,,38(11):-.
关于阿吉安
阿吉安（福州）基因医学检验实验室有限公司成立于年，与福建广生堂药业（深交所）共同隶属于福建奥华集团控股，是一家创新型分子诊断试剂研发企业，主要从事于分子诊断技术开发和临床检测服务，将二代基因测序与荧光定量PCR两个平台相结合，以独特的荧光定量PCR技术和生物信息分析技术为基础，聚焦于感染性疾病综合防控和分子诊断。
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