奴卡菌是一种人兽共患病原体，可引起不同程度的人类疾病，近年来该菌引起感染的病例报道数目逐渐增加。本文通过利用PACEseq产品辅助诊断奴卡菌的病例，展开对奴卡菌特点、诊断痛点以及解决方案的说明。
”案例分析
男性，45岁，厨师。现因“急起双下肢截瘫1周”入院检查，持续高热38.8-39.3℃。
入院
入院诊断：发热截瘫-化脓性脊髓炎？
实验室检查：革兰氏染色呈阴性；血培养：阴性；墨汁染色：阴性；潘迪实验：阳性
治疗方案：美罗培南+利奈唑胺
送检
脑脊液送检PACEseq检测
PACEseq结果回报
在患者脑脊液中发现了条鼻疽奴卡菌（Nocardiafarcinica）特异性序列，与患者临床表现相符。
亮点
二代测序技术对于难养苛养、生长缓慢的特殊类型病原诊断具有明显的优势。mNGS可以解决部分疑难感染的病原学诊断问题，进而缩短感染性疾病确诊周期，促进目标性抗感染治疗，最终改善患者预后。
关于奴卡菌
奴卡菌是革兰氏阳性、需氧菌，据报道其中6个菌种可引起人和动物的疾病，鼻疽奴卡菌感染非常少见；
奴卡菌为机会致病菌，其感染途径多为经外伤进入皮肤或经呼吸道、消化道进入人体，然后局限于某一器官或组织，或经血液循环播散至脑、肾或其他器官；
奴卡菌发病率相对较低，大多数奴卡菌感染患者免疫功能受损，最常见的是细胞介导异常；
病情早期经正确治疗死亡率仅为13.2%，播散型死亡率可达到64%，合并脑脓肿者死亡率高达90%以上，未治疗者死亡率为%。
临床检查方法和痛点
镜检：革兰氏染色可见细长、弯曲有分枝的菌丝，弱酸染色阳性。这一方法对镜检技术经验要求较高；
培养：确诊奴卡菌病需要从临床标本中分离和培养出奴卡菌。奴卡菌为专性需氧，通常需要床边接种，对微生物的标本接种时间要求严格，且培养困难、生长缓慢、阳性率不高；
影像：肺奴卡菌感染常常累及肺上叶，影像学和临床表现缺乏特异性，在早期诊断率低；加之其有弱抗酸性，初始时常被误诊为结核病、侵袭性真菌病和恶性肿瘤。
NGS为奴卡菌诊断提供解决方案
文献结果表明，与常规方法相比，NGS在检测奴卡菌时更有效、更灵敏。刘丽芝等在年报道《经mNGS诊断的CNS诺卡菌感染三例》，徐能能等在年报道《鼻疽诺卡菌引起的肺部感染及中枢神经系统感染1例》，均明确指出NGS对于奴卡菌的检测具有强大的功能和现实可行性；
NGS检测弥补了常规培养方法检测能力低的缺点，适用于不同种类的样本，例如CSF、BALF、痰、皮肤脓液和肺组织；
NGS不仅可以识别不同的奴卡菌种类，而且可以大大缩短检测周转时间，从而有助于及时的进行临床诊断和治疗。
PACEseq—让病原诊断更简单
流程高效便捷：无需培养和镜检，24-48小时交付报告；
病原覆盖广泛：一次检测种DNA，或种RNA微生物；
样本类型全面：可覆盖脑脊液、血液、痰液、肺泡灌洗液、鼻咽拭子、胸腹水等多种类型；
分析实力雄厚：国内首款云端病原微生物数据分析系统PACE，报告更专业；
临床合作深入：累计服务医院，与临床感染病学团队深入合作；
样本积累领先：已完成2万余例样本的检测服务工作，深耕病原诊断领域。
参考文献
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MicrobiologicalDiagnosticPerformanceofMetagenomicNext-generationSequencingWhenAppliedtoClinicalPractice.[J].ClinicalInfectiousDiseasesAnOfficialPublicationoftheInfectiousDiseasesSocietyofAmerica,.
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医院合伙人：--
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